Las muestras tomadas del cuerpo de Desmond Miles tras su muerte, han permitido a Industrias Abstergo seguir explorando sus memorias genéticas, utilizando las recién descubiertas habilidades del "Animus" de computación en nube.
El personaje del presente, siempre anónimo, es un empleado contratado por Abstergo Entertainment para revivir los recuerdos de Edward Kenway, un pirata del siglo XVIII y abuelo de Ratonhakéton, el protagonista de Assassin's Creed III. Supuestamente, su misión es reunir material para realizar un largometraje interactivo, utilizando para ello el "Animus", pero en realidad, Abstergo y los templarios están buscando el "Observatorio", una estructura de los "Precursores" que permite al usuario ver a través de los ojos de cualquier persona, necesitando para ello, obtener un poco de la sangre de dicha persona.
Por su parte, Edward Kenway, debe desentrañar una conspiración entre los templarios de alto rango dentro de los imperios británicos, españoles y franceses que, con el pretexto de la limpieza de la piratería en El Caribe, utilizan sus posiciones para ubicar al "Sabio" (posteriormente identificado como Bartholomew Roberts), quien es el único hombre que les puede llevar al "Observatorio". Los templarios tienen la intención de utilizar el "Observatorio" para espiar y chantajear a los líderes mundiales. Kenway, sin saberlo, se ve involucrado en su complot cuando mata a un Asesino canalla y asume su identidad.
Su imprudencia pone en peligro a toda la orden de los Asesinos, incitándolo a seguir al "Sabio" y los conspiradores de la Península de Yucatán a la ciudad de Príncipe y la costa africana. Mientras tanto, un grupo de piratas notorios, entre los que se encuentran, Edward Thatch (Barbanegra), Benjamin Hornigold y Charles Vane, sueñan con un estado en el que el hombre sea libre de vivir lejos del alcance de los reyes y gobernantes. Kenway, es fundamental para la realización de este sueño y la "República Pirata" se establece en la colonia de Nassau. Sin embargo, el mal gobierno, la falta de una economía y un brote de enfermedades, llevan peligrosamente a la colonia cerca del colapso.
Mientras los fundadores están profundamente divididos respecto a todo lo que sucede en Nassau, Kenway trata de encontrar una solución, pero es demasiado tarde para evitar que los templarios se aprovechen de la situación para consolidar su control sobre el Caribe. Finalmente, Roberts, lleva a Kenway a la ubicación del "Observatorio" y recuperan el artefacto, pero en el último momento, Kenway es traicionado y atacado por Roberts, acabando este en la cárcel acusado por delitos de piratería. Tras una breve estancia en prisión, Edward consigue escapar con la ayuda de Ah Tabai, el Maestro Asesino Maya y decide unirse a su Orden. Mas tarde, Kenway encuentra y persigue a Roberts, logrando recuperar el artefacto y lo devolviéndolo al "Observatorio", sellándolo y enfrentándose a un futuro incierto. Con sus convicciones recién descubiertas, recibe una carta informándole de la muerte de su esposa y la inminente llegada de su hija, hasta ahora desconocida, Jennifer Scott.